โครงสร้างหน่วยงาน

แผนกประวัติการทหารเรือ

มีหน้าที่ดำเนินการค้นคว้า รวบรวม และเรียบเรียงประวัติการต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับกิจการทหารเรือ จัดหา และจัดทำเอกสารที่เป็นประโยชน์ในทางประวัติศาสตร์ทหารเรือ

แผนกพิพิธภัณฑ์

มีหน้าที่ดำเนินการจัดหา รวบรวม เก็บรักษาวัตถุพิพิธภัณฑ์ ดำเนินงานเกี่ยวกับกิจการพิพิธภัณฑ์ทหารเรือและกำกับดูแลการปฏิบัติการต่าง ๆ เกี่ยวกับโบราณสถานและโบราณวัตถุที่อยู่ในความรับผิดชอบของกองทัพเรือ

แผนกการพิธี

มีหน้าที่ดำเนินการค้นคว้า รวบรวม และเรียบเรียงการพิธีต่าง ๆ โดยการออกไปบันทึกภาพ และเก็บรวบรวมเอกสารเพื่อเก็บไว้เป็นประวัติศาสตร์ของกองทัพเรือต่อไป

แผนกเอกสาร 

มีหน้าที่ดำเนินการ รวบรวม คัดเลือก จัดลำดับเอกสาร ทำลายเอกสารที่หมดคุณค่าทางประวัติศาสตร์จากหน่วยต่าง ๆ ในกองทัพเรือ จัดทำบัญชีหนังสือที่มีอายุครบ 20 ปี จัดส่งหนังสือที่มีอายุครบ 20 ปี ที่ทางกองทัพเรือหมดความจำเป็นต้องใช้ ให้สำนักหอจดหมายเหตุแห่งชาติ กรมศิลปากร จัดเก็บเอกสารที่มีคุณค่าทางประวัติศาสตร์ และให้บริการค้นคว้าเอกสาร

แผนกจัดเก็บข้อมูล

มีหน้าที่ดำเนินการอนุรักษ์เอกสาร จากหน่วยต่าง ๆ ในกองทัพเรือ ด้วยการซ่อมบูรณะเอกสาร และเปลี่ยนแปลงรูปแบบเพื่อการจัดเก็บ รวมทั้งให้บริการค้นคว้าเอกสาร